La tradición oral relata que entre 1800 a 1830, aproximadamente, las tierras del lugar eran propiedad del hacendado español don Juan José Remuzgo. Con la llegada de nuevas familias se fue formando un poblado que consiguió que las tierras pasaran a manos de la comunidad.
Varios años después transitó por el lugar una Congregación de Sacerdotes Franciscanos, se atribuye a ellos el uso del nombre “Flores” para denominar a las acogedoras tierras que contemplaban. También designaron como patrón del pueblo a la Santísima Cruz (3 de mayo), con lo que se originó el nombre del distrito: Santa Cruz de Flores.
Santa Cruz de Flores fue un anexo del distrito de Mala durante muchos años. Fue elevado a la categoría de distrito mediante Ley Nº 4611 del 21 de diciembre de 1922, promulgado el 27 del mismo mes, por el presidente de la República Augusto B. Leguía.
El primer Concejo Municipal de Santa Cruz de Flores lo presidio Don José Mercedes Toribio y se instaló solemnemente el 18 de febrero de 1923.
